花粉症の原因は、現在の生活環境が昔と違って細菌の無い超清潔社会になったため、戦う相手がいなくなった体の免疫がバランスを崩して無害な花粉を攻撃して炎症反応を起こす。これが花粉症を含めたアレルギー反応の原因です。
花粉症のアレルギー反応についてもう少し詳しく解説しますと、人間の免疫システムには細菌に対する細菌型免疫と、吸血ダニや寄生虫に対するIgE抗体とマスト細胞（肥満細胞）を使ったIgE型免疫の２つのシステムがあります。
しかし現在は細菌があまりいない、清潔な環境のため細菌型免疫システムが小さくなり、IgE抗体型免疫システムが大きくなり免疫のバランスが崩れてしまったのです。
IgE抗体型免疫のシステムを吸血ダニを例に説明しますと、吸血ダニが人間の皮膚に噛み付きますと皮膚を溶かす酵素を出します、これに対し人体はIgE抗体をたくさん放出します、そしてIgE抗体は鼻などの粘膜にいるマスト細胞（肥満細胞とも呼ばれ、炎症物質を含んでいます）の表面にはまりこみます、このIgE抗体が起爆装置の役割をして、再び吸血ダニが噛み付いて酵素を出すとIgE抗体がこれを捕らえてマスト細胞を破裂させて炎症物質を放出します。
この炎症物質を血液と一緒に吸い込んだ吸血ダニは逃げ出すか、ショック死をします。
これがIgE抗体型免疫の仕組みです、吸血ダニの酵素が抗原（アレルゲン）にあたり、抗原抗体反応とも呼ばれています。そいて花粉の持つ成分が吸血ダニが持つ成分と似ているため、花粉に対してアレルギー反応を起こしてしまうのです。
現在、花粉症を根本的に治療する方法は開発せれていませんので、炎症を抑える抗炎症剤の服用やステロイド剤の点鼻薬などを使った局所療法にたよるしかない状態です。
